風まかせ運まかせ

人との出会いが研究の新しいシーズを生み出す

What's new?

研究遍歴に「東京工業大学資源化学研究所生物資源部門」のページをアップロードし、研究内容と様々なエピソードを紹介しました。


研究遍歴に「西ドイツマックス・プランク生物物理学研究所」のページをアップロードし、研究内容と様々なエピソードを紹介しました。


研究遍歴に「山口大学医学部第一生理学教室」のページをアップロードし、様々なエピソードを紹介しました。また、二つの論文「ラット子宮平滑筋のCa拘縮」と「平滑筋収縮のコンピュータシミュレーション」の紹介を行いました。


研究遍歴に「ERATO加藤たん白生態プロジェクト」のページを開設しました。


「エピソード」に「cDNAが繋ぐ良縁・奇縁」を掲載しました。日本におけるcDNAバンクプロジェクトの黎明期について触れました。


研究遍歴に「(財)相模中央化学研究所第17研究班」と「KAST加藤ヒューマン・プロテインプロジェクト」のページを開設し、研究テーマと主要成果に「ホモ・プロテインcDNAバンク構想」を掲載しました。


研究遍歴に「米国NIH」のページを開設し、マウスラミニンB1鎖cDNAクローニングに関する論文(K87-1)の紹介を行いました。


研究遍歴に「(財)相模中央化学研究所GE研究室」のページを開設し、関連する論文の紹介を行いました。また「エピソード」に関連項目を掲載しました。


「ヒト遺伝子コレクション」の「コレクションの内訳」に「ヒト希少遺伝子」を掲載しました。その多くはノンコーディングRNAであり、新規転写産物も含まれています。


「木もれびの森」に「粘菌シリーズ」を開設しました。粘菌という不思議な生き物の世界を垣間見ることができます。


「解説と文献」に「解説 ヒト長鎖遺伝子cDNA」を掲載しました。これに関連して「ヒト遺伝子コレクション」の「コレクションの内訳」に「ヒト長鎖遺伝子(cDNAインサートサイズが6kbp以上)」を掲載しました。


「解説と文献」に「解説 完全長cDNAライブラリー」を掲載しました。完全長cDNAライブラリーを作製する際の問題点をこれまで開発された方法を例に挙げながら考察しました。


「解説と文献」に「解説 SMART法」と、SMART法 に関するオリジナル論文の紹介を掲載しました。この方法は、従来法に比べ微量のmRNAから簡便かつ少ない工程で完全長cDNAライブラリーを作製できるので、単一細胞のトランスクリプトーム解析に適しています。しかし、完全長率は高くなく、サイズバイアスなどの問題点があるので、遺伝子コレクションの構築には向いていません。


「解説と文献」に「解説 キャップトラッパー法」と、キャップトラッパー法 に関するオリジナル論文の紹介を掲載しました。この方法は、キャップまで伸びた完全長cDNAを選別できるという点では、他の方法に見られない優れた方法です。たださまざまな問題点があり、遺伝子コレクションの構築には向いていませんが、キャップ部位の大規模解析には利用できます。


「解説と文献」に「解説 キメラオリゴキャッピング法」と、関連する論文2報(K93-4K94-4)の解説を掲載しました。この方法は、我々が開発した第一号の完全長cDNAライブラリー作製技術です。すでに賞味期限は切れていますが、日本における完全長cDNAプロジェクトのさきがけとしての意味があると考えています。


「解説と文献」に「解説 オリゴキャッピング法」とOligo-capping法に関する文献紹介を掲載しました。この方法で作製されたヒト完全長cDNAライブラリーの大規模塩基配列解析によって、ヒト遺伝子の転写開始点と遺伝子構造の多くが明らかにされています。


「解説と文献」にGubler-Hoffman法Pruitt法に関する文献紹介を掲載しました。いずれもOkayama-Berg法の改良を試みたものです。Gubler-Hoffman法はこれまで広く使われてきたcDNA合成法ですが、キャップ部位から始まる完全長cDNAは取得できません。以前我々はPruitt法で作製したcDNAライブラリーを作製して大規模塩基配列解析を行い、完全長cDNAを含む高品質のライブラリーであることを示しています。


「解説と文献」にOkayama-Berg法に関するオリジナル論文の紹介を掲載しました。この方法は完全長cDNAライブラリー作製法の原点であり、これの改良版かつ完成形と言えるのがベクターキャッピング法です。


「解説と文献」に「解説 V-capped cDNA libraries」を掲載しました。ベクターキャッピング法を用いて作製された各種生物種の完全長cDNAライブラリー解析の紹介です。


「解説と文献」に、ベクターキャッピング法を用いてマダニの完全長cDNAライブラリー解析を行なった文献の紹介を掲載しました。著者らのグループはこのライブラリーを用いてこれまでに41報の論文を出版しています。完全長cDNAであることのメリットを最大限に活用した典型的な例です。


「木もれびの森」の「花シリーズ」ラン科に、「シュンラン」、「ギンラン」、「ササバギンラン」、「サイハイラン」、「オニノヤガラ」、「サガミランモドキ」、「マヤラン」のページを一挙追加しました。


木もれびの森」に「花シリーズ」を開設し、第一弾として「キンラン」のページに木もれびの森で見られるキンランたちの姿を掲載しました。


解説と文献」に、ベクターキャッピング法を用いて、メダカ、カイコ、マーモセットの完全長cDNAライブラリー解析を行なった文献の紹介を掲載しました。


「解説と文献」のページを新設しました。テーマごとに解説と、関連する文献の紹介をおこないます。それぞれのテーマで特に重要な文献についてはその概要を記載し、私の個人的興味の観点から評価を行います。今回、解説「ベクターキャッピング法」とこの方法を使った文献「出芽酵母」を掲載しました。


ベクターキャッピング法を用いてヒト網膜由来の細胞株ARPE-19とY79から完全長cDNAライブラリーを作製しトランスクリプトーム解析を行った論文(K11-2)と、その中に含まれている希少転写産物や長鎖転写産物の選択的スプライシングバリアントに関する論文(K13-1)の解説を掲載しました。「ヒト遺伝子コレクション」は、これらの論文に記載された完全長cDNAクローンから構成されています。


ベクターキャッピング法を用いて作製した完全長cDNAライブラリーは、遺伝子のサイズによるバイアスが小さく、トランスクリプトーム解析の理想的な材料であることを示した論文(K08-1)と、ベクターキャッピング法の詳細な実験プロトコルを記載した論文(K11-1)についての解説を掲載しました。ベクターキャッピング法を用いてトランスクリプトーム解析を行おうとしている研究者には是非読んで欲しい論文です。


「木もれびの森」のページを新設し、林に生息する生き物たちを紹介することにします。それに伴い「プロフィール」から生き物の写真を移動しました。


完全長cDNAライブラリー作製技術である「ベクターキャッピング法」に関する論文の解説を掲載しました。この技術は、我々がこれまで開発した技術の中で最もインパクトが大きいと考えているものです。数μgの総RNAからたった3工程で、完全長率95%以上のcDNAライブラリを作ることができるという、”Simple is best”を地で行く方法です。


ホームページを立ち上げました。全体が完成するまでには、まだかなり時間がかかりそうなので、できたところから公開していきます。最初に、国立障害者リハビリテーションセンター網膜色素変性症の原因遺伝子に関する研究についてまとめました。今後、時間を遡って、新しい順に研究遍歴を紹介する予定にしています。